En 1957 los Dodgers de Brooklyn y los Gigantes de Nueva York dejaron Nueva York para establecerse en California, dejando a la ciudad más grande de los Estados Unidos sin equipo en la Liga Nacional. Dos años más tarde, el 27 de julio de 1959 el abogado William Shea anunció la formación de una tercera liga de grandes ligas de béisbol, la Liga Continental. Luego de un año de discusiones, en 1960, Shea y otros organizadores de la Liga Continental alcanzaron un acuerdo con la ligas establecidas. Se acordó abandonar la creación de la tercera liga y en su lugar expandir las ligas existentes con dos equipos cada una. La ciudad de Nueva York acogió a uno de estos nuevos equipos, cuyos dueños principales eran Joan Whitney Payson y Charles Shipman Payson.
El nuevo equipo necesitaba un nuevo nombre y se propusieron varios. Entre los finalistas estaban "Bees," "Burros," "Continentals," "Skyscrapers," y "Jets." Los dueños finalmente escogieron los "Metropolitanos", un nombre de significado histórico, ya utilizado por un equipo de Nueva York del siglo XIX. Este nombre se abrevia en "Mets" y recibió una amplia aprobación por parte de los fanáticos y la prensa.
Su uniforme es una mezcla de los colores utilizados por dos antiguos equipos newyorkinos de la Liga Nacional del siglo XIX: Naranja por los Gigantes de Nueva York y Azul por los Dodgers de Brooklyn, además del color Blanco, simbolizando, asimismo, la bandera del estado de Nueva York que es azul, blanco y naranja.
Cuando los Mets comenzaron en el 1962, su uniforme fue una mezcla de dos equipos newyorkinos de antaño, ambos de la Liga Nacional, que se habían mudado a la costa Californiana, como eran los Gigantes de Nueva York (los tonos naranja) y los Dodgers de Brooklyn (los tonos azules), logrando así reconciliar a dos aficiones que eran hasta cierto punto antagónicas, agregando a aquellos aficionados a quienes no les gustaban sus vecinos del Bronx, los Yankees de Nueva York, pero las cosas, deportivamente hablando, se mostraron adversas y extremadamente difíciles.
A pesar que era adorados por su publico, la racha perdedora era una de las más grandes de la historia del béisbol y la más grande del siglo XX. De 1962 a 1968 fueron conocidos como "Los Adorables Perdedores" (The Lovable Loosers).
Desde que surgieron en 1962 hasta antes de la milagrosa campaña de 1969, los Mets de Nueva York exhibían un paupérrimo balance de 394 triunfos y 737 fracasos en siete temporadas. El Título de 1.969 fue una oasis en el desierto, y hasta 1.986 no se revalidó el campeonato, siendo éste su segundo y último título.
El equipo de los Mets se convirtió en uno de los más fuertes de las grandes ligas desde mediados de la década de 1980, y por eso ganaron la Serie Mundial en 1986, contra los Medias Rojas de Boston en siete juegos en una de las Series Mundiales más recordadas en la historia ya que Los Mets ganaron casi cuando perdían en el juego seis y avanzaron a ganar la serie.
En el 2006 Los Metros aun se reforzaron mejor con jugadores como Carlos Delgado, Pedro Martínez, Paul Lo Duca, David Wright, José Reyes, y Carlos Beltran. De la nada Los Metros volvieron a surgir y se hicieron la competencia del 2006. Desde mediados de abril de 2006 Los Metropolitanos despegaron del vuelo y han conseguido el primer lugar en la Liga Nacional Este hasta entonces. A mitad de Agosto tomaron el control de Las Ligas Mayores pasándole a Detroit con el mejor récord en el béisbol estadounidense. El 18 de septiembre de 2006,los Metropolitanos fueron el primer equipo en clasificarse para los "Playoff" con un récord estelar de 90(G)-58(P). Terminaron la temporada regular como el mejor Equipo De La liga Nacional y empatados con los Yankees para el mejor récord de la liga con 97(G)-65(P).
Después de cuatro temporadas decepcionantes, tras la finalización de la campaña 2010 el general manager Omar Minaya y el manager Jerry Manuel fueron despedidos para provocar un cambio de rumbo en la franquicia de los Mets. Menos de un mes después, los Mets anunciaron la contratación de Sandy Alderson como nuevo general manager y unas semanas después de Terry Collins como nuevo manager.
Los Mets son equipables al At. de Madrid: vecino rico y campeonísmo (Yankees), fichajes de relumbrón y alto coste que no cumplen las expectativas, lesiones de jugadores claves, decepción de los aficionados año tras año a pesar de los grandes nombres de su equipo.